内部控制制度的设计主要有如下几条原则。

一、系统完整原则

内部控制是一个全方位的整体， 它渗透于企业经营活动的整个过程并贯穿于经营活动的始终。系统完整原则要求: 在设计内容上， 必须突破会计控制的局限， 在一个更为广阔的视野中， 结合治理层面和管理层面去构建内部控制， 以确保管理层能有效地进行管理、能有效地利用企业资源， 员工有效地从事具体业务的操作， 信息使用者能获得相关、可靠的企业信息。在设计对象上， 内部控制制度应该包括对人的约束和激励、对各项业务活动的控制。在设计流程上， 既应考虑各流程中的风险控制点， 又应考虑各控制要素、控制过程之间的相互关联， 使各业务循环或部门的子控制系统有机构成企业的一个科学、合理的管理系统， 保证企业经营活动在预定的轨道上进行。

在设计内部控制制度时还应关注制度的严谨性和完善性， 讲究控制实效， 把握控制要点， 全面、准确地对企业经营的全过程做出有效的控制。

二、相互牵制原则

相互牵制原则是指一项完整的经济业务活动， 必须分配给具有互相制约关系的两个或两个以上的职位， 分别完成。即在横向关系上， 至少要由彼此独立的两个部门或人员办理， 以使该部门或人员的工作接受另一个部门或人员的检查和制约; 在纵向关系上， 至少要经过互不隶属的两个或两个以上的岗位和环节， 以使下级受上级监督， 上级受下级牵制。其理论根据是在相互牵制的关系下， 几个人发生同一错弊而不被发现的概率是每个人发生该项错弊的概率的连乘积， 因而将大大降低误差率。需要分离的职责主要是: 授权、执行、记录、保管、核对。

三、协调配合原则

协调配合原则是指各项经营管理活动中， 各部门或人员必须相互配合， 各岗位和环节都应协调同步， 各项业务程序和办理手续需要紧密衔接， 从而避免相互扯皮和脱节现象，减少矛盾和内耗， 以保证经营管理活动的连续性和有效性。协调配合原则是对相互牵制原则的深化和补充。

四、成本效益原则

成本效益是体现企业经营成果和竞争能力的主要目标。贯彻成本效益原则即要求企业科学地进行经营管理， 力争以最小的控制成本取得最大的经济效益。

五、整体结构原则

企业的内部控制系统必须包括控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、监督五项要素， 并覆盖各项业务和部门。换言之， 各项控制要素、各业务循环或部门的子控制系统， 必须有机构成为企业内部控制的整体架构。这就要求， 各子系统的具体控制目标必须对应整体控制系统的一般目标。

六、目标导向原则

目标是控制的出发点和归宿点， 控制的最高宗旨就是实现预定的目标。企业内部控制系统的终极目标是确保企业系统的整体有效性。目标导向原则是指企业应根据控制目标设计内部控制过程。基于企业整体效率视角的内部控制的目标分为两个层次: 企业内部治理控制目标——确保董事会在企业中的作用及对企业和股东的受托责任; 管理控制目标——提高企业经营的效率和效益。实现治理控制目标主要采用股东会、监事会对董事会和总经理的监督与控制机制。

七、有效控制风险原则

有效控制风险原则是指企业在构建内部控制制度时， 应密切关注实施主体使命、具体目标过程中面临的各种风险， 有针对性地设计内部控制措施， 使风险降低到企业可以忍受的合理水平。有效控制风险原则要求: 管理当局应采取恰当的程序去设定支持主体使命的目标， 识别影响目标实现的各种风险并进行评估， 在企业愿意承受的风险水平和所能接受的目标偏离程度的基础上， 采取回避、承担、降低和分担的风险应对措施， 使企业目标得以顺利实现。

八、合规性原则

合规性原则是指企业在设计内部控制制度时， 必须符合国家有关法律法规和有关政府监管部门的监管要求。合规性是企业从事经营、创造价值、实现内部控制目标的前提， 是一种约束性条件。合规性原则要求: 在构建内部控制制度时， 企业既要遵循一般法律法规， 如公司法、税法、合同法、会计法、企业会计准则、内部会计控制规范; 又要根据自身的行业特点和性质， 遵循行业内部控制规范， 如上市公司治理准则、证券投资基金管理公司内部控制指导意见、商业银行内部控制指引等。

九、灵活性原则

灵活性原则是指进行内部控制设计时应根据不同的控制类型灵活采用不同的策略。按事件和风险是否有规律可循， 控制可分为结构化控制、半结构化控制、非结构化控制; 以控制时序为标志， 控制可分为事前控制、事中控制和事后控制。事前控制是指企业为防止人力、物力、财力等资源在应用时发生偏差， 而在行为发生之前所实施的内部控制， 事前控制多数是属于非结构化控制。事中控制是指企业在运营过程中针对正在发生的行为所进行的控制， 事中控制是半结构化控制。事后控制一般是结构化控制。