组织结构下的内部控制关系是健全控制措施和强化、沟通信息的基础。通过明确组织架构中的职责分工， 通过理顺组织架构汇报机制， 能够使企业集团及时、准确、完整地收集与下属单位经营管理相关的各种信息， 并使这些信息以适当的方式在集团有关层级之间进行及时传递、有效沟通和正确应用， 从而建立有效的集团内部的管理控制机制。

组织结构下的内部控制关系应当着重抓住以下三个方面。

1. 全面预算控制

预算管理的关键是要制定合理的预算， 这就要求: 第一， 企业集团的预算必须围绕集团的战略要求和发展规划确定， 下属公司必须服从企业集团的总目标， 其预算必须经过集团公司批准; 第二， 预算编制过程要科学合理; 第三， 公司预算要尽量细致， 并有客观依据支持; 第四， 预算执行过程中， 企业集团要注意对下属公司的预算执行情况进行控制、分析和调整， 以防止出现偏差; 第五， 企业集团对下属公司及其管理层的业绩评价要以预算执行情况的考核为主， 并将考核结果作为集团内部人力资源管理的参考。

2. 资金控制

资金控制实际上是影响下属公司生存与发展最直接、最关键的财务控制手段。在实践中， 资金控制有多种具体形式， 企业集团应根据自己的情况， 选择适合自身的资金控制方式。

3. 内部审计

内部审计是企业集团最高管理层管理控制企业集团的工具， 对集团和成员企业各种财务资料的可靠性和完整性、企业资产运用的经济有效性等进行审核， 评价企业集团及其成员企业的内部控制是否有效， 帮助集团最高管理层评价下属公司管理当局的管理业绩， 监督下属公司和其他成员企业管理当局的行为， 减少舞弊行为。

企业集团的内部控制体系需要针对企业外部和内部环境不断优化， 才能适应集团企业发展的需要。集团企业建立内部控制体系后， 仍然需要加强对下属企业的监督检查， 对内部控制制度的适应性、合理性和有效性进行定期和不定期相结合的监督与评估， 并形成书面报告。企业的内部控制体系在初步设计完成后， 仍需不断优化、完善和更新， 以保证企业的发展。