财政部门是持有和管理国库单一账户体系的职能部门，任何单位不得擅自设立、变更或撤销国库单一账户体系中的各类银行账户。中国人民银行按照有关规定，对国库单一账户和代理银行进行管理和监督。这里所指的代理银行，是指由财政部门确定的、具体办理财政性资金支付业务的商业银行。
预算单位使用财政资金，应当按照规定的程序和要求，向财政部门提出设立零余额账户、特设专户等银行账户的申请，财政部门审核同意后，书面通知代理银行，为预算单位开设预算单位零余额账户。一个基层预算单位开设一个预算单位零余额账户。凡是需要开设特设专户的预算单位，需经财政部审核并报国务院批准或经国务院授权财政部批准后，由财政部在代理银行为预算单位开设。