对存货年末余额的测试，通常是审计中最复杂也最费时的部分。对存货存在和存货价值的评估常常十分困难。相应地，实施存货项目审计的注册会计师应具备较高的专业素质和丰富的相关业务知识，分配较多的审计工时，运用多种有针对性的审计程序。
注册会计师必须对被审计单位的生产与存货循环的重大错报风险有一定认识，并详细了解被审计单位有关生产与存货核算和管理的内部控制是否能预防、检查和纠正重大错报风险，在此基础上设计并实施进一步审计程序，才能有效应对重大错报风险。
存货审计复杂的主要原因
（1）存货通常是资产负债表中的一个主要项目，而且是构成营运资本的最大项目。
（2）存货往往存放于不同的地点，这使得对存货的实物控制和盘点都很困难。企业必须将存货置放于便于产品生产和销售的地方，但是这种分散也带来了审计的困难。
（3）存货项目的多样性也给审计带来了困难。例如，化学制品、宝石、电子元件以及其他的高科技产品。
（4）存货的陈旧以及成本分配也使得存货的估价存在困难。
（5）不同企业采用的存货计价方法存在多样性。