中华人民共和国成立后，伴随着我国由计划经济体制逐步发展为市场经济体制，行政事业单位的会计制度也经历了不同的发展阶段。为逐步适应社会主义市场经济体制发展要求，适应行政事业单位改革发展需要，加强医院资产核算与管理，优化资源配置，提高医院资源的使用效益与效率，我国医院会计制度也经历了由初步形成到成熟完善的不同阶段。
第一阶段，预算会计阶段（1949－1983年）
从中华人民共和国成立初期到1983年，医院作为履行政府职能的重要组成部分，会计核算遵守的制度规范与其他行政事业单位的制度规范差别不大，医院预算可以看作各级总预算分配给卫生事业中的一项指标，医院会计核算执行的是预算会计。在记账方法上，1965年之前，预算会计和企业会计都实行“借贷记账法”，1965年财政部在全国预算会上要求实行“收付记账法”。在核算制度依据上，1950年财政部规定政府部门实行以财政总预算会计和单位预算会计为主体的预算会计制度体系；1954年制定了《单位会计制度》，实行“全额管理，差额补助，年终结余一律上缴财政”的经费管理办法；1960年起财政部要求实行“全额管理，定项补助，预算包干”的管理办法；到20世纪80年代初期，随着经济体制由计划转向市场，医院逐步开始实行“全额管理，定额补助，结余留用”的经费管理办法，会计核算办法也由之前的收付实现制改为权责发生制。至此，医院会计制度改革拉开序幕。
该时期医院会计核算的理论出发点认为事业单位不产生盈利，资金运动属于国民经济再分配的范畴。医院会计的特点表现为：会计核算基础是收付实现制，无成本核算，医院日常积累薄弱；记账方法上以“收”“付”为记账符号，不能概括复杂的经济活动；会计科目固定划分为资金来源、资金运用、资金结存，账簿仅起到记录流水的作用；医院会计核算遵照行政事业单位的预算会计核算体系，没有独立的核算体系。
第二阶段，医院会计核算雏形阶段（1983－1988年）
1983年5月，财政部会同原卫生部出台了《医院会计总账科目》《医院会计收支科目》和《医院收支情况表》（卫计〔83〕106号），将医院会计科目分为资金来源、资金运用和资金结存三类，设置23个总账科目和收支明细科目。至此，标志着医院会计独立核算体系初步建立。医院会计的特点表现为：医院会计科目单设，医院会计核算与管理规范初步建立，科目中的预收款、药品进销差价等科目，彰显了医院会计核算特色；取消了预算内外科目界限，对医院收支情况制定了统一报表，将医院基建投资与支出分账核算，为医院财务管理奠定了基础；开设专用基金科目，为医院持续发展提供了积累来源。但该时期医院会计的科目设置合理性仍较欠缺，收付实现制难以全面反映医院当期的经营成果。
第三阶段，医院会计核算高速发展阶段（1989－2019年）
伴随着我国医疗卫生体制改革的不断深入，医院会计制度得以不断完善和发展。1988年财政部、原卫生部颁布了《医院会计制度》并于1989年1月1日起实施，该制度是对1983年颁布的医院会计制度的全面颠覆，在医院会计制度发展史上具有里程碑式的意义：将会计核算基础调整为权责发生制。该制度将医院会计核算的总账科目再一次调整为46个，统一设置了7种会计报表；将医院收支业务活动划分为医疗收支活动、药品收支活动和制剂收支活动三个各类别；增设了“一般修购费”和“大型维护费”，增强了医院的自我发展机制。但仍存在会计制度总体设计上缺乏成本预算以及对外投资核算；部分具体业务核算科目设置不合理，如“病人结转费”的处理违背了权责发生制的要求，没有考虑坏账损失与财务费用、管理费用，核算过于复杂等。
1998年，财政部、原卫生部根据财政部最新的“两准则一制度”颁布了《医院会计制度》《医院财务制度》并于1999年1月1日起实施。该制度的特点：确定了医院会计要素，对医院各种经济资源的来源、占用参照企业会计制度进行了重新分类，并依据此将会计总账科目调整为43个；确立了“资产＝负债＋净资产”会计恒等式的地位；对多达几十项的具体业务提供了具体的可供操作的业务规范。但存在修购基金计提与列支不规范、医院会计报表信息不完整、药品收支口径不一致违反配比原则、医院投资核算不能反映真实财务状况等问题。
2010年12月，为贯彻新的医改精神，国家财政部、原国家卫生部制定了新的《医院会计制度》并于2012年1月1日起在全国施行，这是医院会计制度发展的又一次飞跃：进一步规范了会计核算，提高了会计信息质量，如增设了“零余额账户用款额度”等科目，与财政收支分类科目体系保持一致，使部门预算、决算、核算趋于统一；对固定资产进行折旧核算；将基建项目核算纳入医院核算体系；对收支会计科目进行了重新调整，强化了医院的医疗卫生和社会服务功能的会计核算；进一步完善了医院财务报告体系。但在实践中，医院的财务会计报告与预算会计报告分离导致预决算中存在系列问题、医院设备后续支出资本化估计困难、医院预计负债科目使用不规范等问题。
第四阶段，医院会计制度走向成熟阶段（2019年）
为了适应权责发生制政府综合财务报告制度改革需要，规范行政事业单位会计核算，提高会计信息质量，根据《中华人民共和国会计法》《中华人民共和国预算法》《政府会计准则———基本准则》等法律、行政法规和规章，财政部于2017年10月发布了《政府会计制度———行政事业单位会计科目和报表》并于2019年1月1日起施行，鼓励行政事业单位提前执行。同时规定，执行《政府会计制度———行政事业单位会计科目和报表》的单位，不再执行《行政单位会计制度》《事业单位会计准则》《事业单位会计制度》《医院会计制度》《基层医疗卫生机构会计制度》等制度。2018年8月27日，财政部发布了《关于印发医院执行〈政府会计制度———行政事业单位会计科目和报表〉的补充规定和衔接规定的通知》（财会〔2018〕24号），为医院推进新的会计制度指明了具体的方向。新的医院会计核算制度有效地满足了医院经济管理的需求，推进了医院经济管理水平的综合提升。至此，我国的医院会计核算制度实现了同国内外先进水平的初步对接。