医院预算会计的会计要素为三个，分别为预算收入、预算支出和预算结余。
预算收入指医院在预算年度内依法取得的并纳入预算管理的现金流入。预算收入一般在实际收到时予以确认，以实际收到的金额计量。
预算支出指医院在预算年度内依法发生并纳入预算管理的现金流出。预算支出一般在实际支付时予以确认，以实际支付的金额计量。
预算结余指医院在预算年度内预算收入扣除预算支出后的资金余额，以及历史滚存的资金余额。预算结余包括结余资金和结转资金，结余资金是指年度预算执行终了，预算收入实际完成数扣除预算支出和结转资金后的剩余的资金。结余资金是指预算安排项目的支出年终尚未执行完毕或者因故未执行，且下年需要按原用途继续使用的资金。