由于预算管理委员会一般为非常设机构，因此企业应当在该委员会下设立预算管理工作机构，由其履行预算管理委员会的日常管理职责。预算管理工作机构一般设在财会部门，其主任一般由总会计师（或财务总监、分管财会工作的副总经理）兼任，参与的工作人员除了财务部门人员外，还应有计划、人力资源、生产、销售、研发等业务部门人员。

主要的工作机构可以分为预算管理的常务机构、核算机构、监控机构和考评机构。

（1）预算管理的常务机构是企业行使日常预算管理工作的部门，一般可在预算管理委员会下设一个“预算管理办公室”。实践中，该办公室有三种具体的设计方法，一是单独设立，二是采用与财务部门“一班人马、两块牌子”的做法，三是在财务部门下设立一个专司预算管理的科室。对于规模较大、组织结构复杂的企业，应尽量采取相对独立的常务机构组织形式。预算办公室主任一般由总会计师或财务经理兼任。

（2）预算管理核算机构是对预算执行过程和结果进行反映、控制、核算和信息反馈的部门，这主要是会计部门的职责。和预算管理相适应的会计体系不是财务会计，而是责任会计。责任会计属于管理会计的范畴，是以责任中心为会计对象，对责任中心的经营活动过程及其结果进行核算、分析、考核与评价的一种内部会计制度。责任会计核算素有双轨制与单轨制的争论，即是否要建立两套会计核算体系的问题。作为企业内部的管理活动，企业应根据自身具体情况，因时、因地制宜。

（3）预算管理监控机构是对管理执行过程和结果进行监控的部门，其相关部门很多，如价格监控、信息监控、质量监控、资金监控等。由于预算管理涵盖了企业的各个环节和各个部门，企业不可能也没有必要设置一个独立的预算管理监控部门，而是采取某一职能部门牵头、其他相关专业部门按职能分工进行监控的办法。

（4）预算管理考评机构是对预算管理执行过程和结果进行考核、评价和奖惩的部门。由于预算考评的对象是各个执行部门，是各个责任中心执行预算的结果和过程。企业各个部门既是预算的执行者也是预算的考评者。因此，企业应该采取以一个职能部门为主，其他相关专业部门按照职能分工进行考评的办法。一般而言，考评机构的牵头部门是预算管理办公室或人力资源部。