净现值法和内部报酬率法都是对投资方案未来现金流量计算现值的方法。

运用净现值法进行投资决策时，其决策准则是:NPV为正数（投资的实际报酬率高于资本成本或最低的投资报酬率），方案可行;NPV为负数（投资的实际报酬率低于资本成本或最低的投资报酬率），方案不可行；如果是相同投资的多方案比较，则NPV越大，投资效益越好。净现值法的优点是考虑了投资方案的最低报酬水平和资金时间价值的分析；缺点是NPV为绝对数，不能考虑投资获利的能力。所以，净现值法不能用于投资总额不同的方案的比较。

运用内部报酬率法进行投资决策时，其决策准则是:IRR大于公司所要求的最低投资报酬率或资本成本，方案可行;IRR小于公司所要求的最低投资报酬率，方案不可行；如果是多个互斥方案的比较选择，内部报酬率越高，投资效益越好。内部报酬率法的优点是考虑了投资方案的真实报酬率水平和资金时间价值；缺点是计算过程比较复杂、烦琐。

在一般情况下，对同一个投资方案或彼此独立的投资方案而言，使用两种方法得出的结论是相同的。但在不同而且互斥的投资方案时，使用这两种方法可能会得出相互矛盾的结论。造成不一致的最基本的原因是对投资方案每年的现金流入量再投资的报酬率的假设不同。净现值法是假设每年的现金流入以资本成本为标准再投资；内部报酬率法是假设现金流入以其计算所得的内部报酬率为标准再投资。

资本成本是更现实的再投资率，因此，在无资本限量的情况下，净现值法优于内部报酬率法。