内部审计机构设置与其他机构设置一样，需要遵循一定的组织原则和要求，以便真正发挥内部审计机构的作用并达到其他既定的工作目标。

设置内部审计机构需要遵循以下几个原则。

1.应当保持内部审计机构相对的独立性

企业设置内部审计机构时必须符合审计独立性的原则。

内部审计机构，无论是部门中的还是企业中的，均必须保持其组织上和业务上的独立地位。

有的单位将内部审计机构附设在财务部门内，这是不合适的，因为内部审计机构要审计财务收支和财务报表，监督财务工作，要对内部控制进行评价，如果将其设置在财务部门内，则很难对财务工作、会计信息进行有效的监督和评价。

财务部门和其他部门一般是同级部门，如果将内部审计机构设置在财务部门内，则难以对其他部门进行有效的监督和评价。

同样，如果将内部审计机构设置在其他部门内，则内部审计机构就丧失了其独立性，就难以客观地进行审计。

2.应当注意保持其功能性和效率性的统一

内部审计机构是企业中专门从事审计工作的部门。

为真正发挥内部审计机构的专业监督作用，企业应该设置专职工作岗位，规定内部审计机构和内部审计人员的专属职能，保证其不参与直接经营活动，不直接承担经营责任，不能经管其他部门、其他单位的钱财物资和账目。只有在形式和实质上置身于具体的业务之外，内部审计机构才能保持内部审计的独立性，其审计工作的成果才能被管理层和其他部门认可。

3.应保存内部审计机构和报告的足够权威性

内部审计机构在开展审计工作和提交审计报告时，必须具有一定的权威性，只有具有权威性，才能减少内部审计的阻力和障碍，顺利开展审计工作，实现强化内部审计和监督的目标。因此，在设置内部审计机构时，企业最高管理层和治理层应该明确授权内部审计机构进行独立审计和报告的权利。