内部审计的成功运作，需要有制度健全、运行有效的公司治理模式配合。为此，企业应从完善独立董事制度、合理设计经理激励约束机制、实现董事长与总经理分离、明晰产权等方面强化公司治理。内部审计机构要逐步实现由董事会、审计委员会或最高管理者领导，对其负责并报告工作，独立于各职能部门，发挥其权威性。

（1）在董事会下设立审计委员会，审计委员会主要由独立董事组成，其中至少应有一名为财会方面的专家。它的职责是对总经理的职责和经营完成情况进行控制监督，直接对董事会负责并报告工作。

（2）在总经理层以下设立审计机构，主要是对总经理以下的各级职能管理部门及分公司、业务分部经理等的职责和任务完成情况进行监督管理，协助总经理进行日常的控制管理活动，对总经理负责并报告工作。

（3）在各分公司设立审计工作组，负责监督分公司的各项生产或管理活动，并配合上级审计机构进行各项审计活动。其中，审计委员会与经理层，审计机构及各审计工作组之间都存在着业务上的指导关系，以保证审计工作的顺利开展。

这种模式的建立能使审计的独立性、权威性在很大程度上得到保障，同时又与国际内部审计师协会的《内审实务准则》的要求相一致。当然，企业内部审计机构的设置模式并不一定要千篇一律，只要能保证内部审计职能的充分发挥和内部审计质量符合要求即可。