1966—1976年的“文化大革命”时期，我国的经济遭受了严重破坏，相应的财政制度也受到巨大的冲击。1966年我国实行“定收定支、收支挂钩、总额分成、一年一定”的财政体制。但在“文化大革命”的冲击下，国家财政出现严重困难，收入下降，收不抵支，到1967年已产生22亿元的财政赤字。与此同时，财政系统也受到巨大的冲击，财政预算无法继续编制，预算收支指标也无法继续落实。在这种情况下，原有的财政体制难以为继，于是到1968年又推行了新中国成立之初所实行的收支两条线办法，即“收归收，支归支，收支分别算账”。
1970年2月15日至3月21日的全国计划会议重点讨论了《第四个五年计划纲要（草案）》，提出“集中力量建设大三线强大的战略后方；加速农业机械化的进程；狠抓钢铁、军工、基础工业和交通运输的建设；大力发展新技术，赶超世界先进水平”的主要任务。在这一背景下，经济管理权限又出现了一次下放，主要表现为基本建设、物资分配与财政收支的“三大包干”。
财政收支包干是这一时期经济体制变动中的重要部分。1971年3月，财政部颁发了《关于实行财政收支包干的通知》，要求实行“定收定支，收支包干，保证上缴、结余留用、一年一定”。在这一体制下，由省级行政单位首先提出建议数额，再由中央进行综合平衡，财政收入按绝对数包干上缴中央财政。对于预算收大于支的，包干上缴中央财政；对于预算支大于收的，由中央财政按包干差额予以补助。但在预算执行过程中，如发生结余，由地方留用；如发生短收或超支，由地方自行平衡。
财政收支大包干是这一历史阶段各级政府间财政关系的一项大的改动。但受到当时历史条件的影响，这一改动既有积极的作用，也存在明显的不足。一方面，当时财政收支大包干在一定程度上改变了中央统收统支的局面，调动了地方增收节支的积极性；另一方面，“文化大革命”时期经济建设陷入混乱局面，各级政府间财政关系的重大变革缺乏良好的执行环境，政策落实面临很大的困难，地方与中央财政并未因此摆脱困难局面。
1972年，华北经济协作区会议提出，试行“收入按固定比例留成，超收另定分成比例，支出按指标包干”的体制，即由中央核实下达各省的财政收支计划，同时各省获得按人口计算每人两元的资金作为地方机动财力，从而确保在动荡的情况下地方仍拥有一定数额的机动财力；同时也实行了收支脱钩。这一体制后来被称为“旱涝保收”体制。“旱涝保收”体制于1973年在华北、东北等地区的9省市试行；于1974年扩展到全国各省、自治区、直辖市普遍实行。这一体制在当时经济社会动荡的历史条件下发挥了一定的积极作用，主要表现在作为一种暂时的过渡办法对保障地方相对正常的运转发挥了一定的积极作用。然而，收支脱钩使得地方财力平衡的负担向中央上移，地方增收节支、平衡预算的积极性削弱。
1975年，邓小平同志开始主持中央的日常工作，着手对诸多工作进行整顿。当年8月，财政部起草了《关于整顿财政金融的意见》，提出要努力促进工农业生产发展，调整财政收入，节约财政支出，迅速扭转企业亏损，加强基本建设拨款的管理，管好用好更新改造资金，加强信贷管理，控制货币发行，改进财政和信贷管理体制，严格财经纪律。《关于整顿财政金融的意见》针对前几年生产遭破坏、资金偏于分散的情况，提出进一步改进财政信贷管理体制的要求。《关于整顿财政金融的意见》又被称为“财政十条”，要求实行“定收定支，收支挂钩，总额分成，一年一定”的办法：每年由中央分别核定各省、自治区、直辖市的收入任务和支出总额，以支出占收入的比例作为地方分成的比例；在执行中，超收了可以按分成比例相应地多分收入；短收了就要相应地减少支出，自求平衡。“财政十条”对各级政府间财政关系进行了新的调整，然而在当时的环境下未能正式发出并贯彻实施。
1976年3月3日，财政部下达《关于财政管理体制的通知》，要求各省、自治区、直辖市，从1976年起试行“定收定支挂钩，总额分成，一年一变”的财政体制。这一体制同“文化大革命”前的“总额分成，一年一定”体制基本上是相同的。“总额分成”要求地方总额分成比例在30%以下的，超收部分按30%分成；地方总额分成比例70%以上和受中央补助的地区，超收部分按70%分成。相较于“收入固定比例留成”，“总额分成”体制在当时的历史条件下具有一定的可行性。
1976年10月6日，中共中央政治局采取断然措施，对江青、张春桥、姚文元、王洪文“四人帮”实行隔离审查。在“文化大革命”十年间，中国的财政体制经历了多番变革与调整，然而始终难以收到预期的效果。历史的经验与教训表明，经济和财政管理体制的重大改革，不仅要有一定的客观经济条件，而且要有一个安定的政治局面。财政体制的改革，既要适应经济的发展变化，又不能朝令夕改，变动过于频繁。
1977年起，随着经济恢复整顿工作的开展，国家开始关注企业扭亏工作。5月31日，国务院批准财政部、国家计委《关于成立扭转企业亏损、增加盈利领导小组的报告》;7月8日，国务院进一步发出通知，要求各地区、各部门大力开展扭转企业亏损、增加盈利的工作。同年，国务院批转财政部《关于税收管理体制的请示报告》，提出税收政策的改变、税法的颁布和实施、税种的开征和停征、税目的增减和税率的调整，都属于中央管理权限，一律由国务院统一规定。
1978年2月17日，财政部发出《关于试行“增收分成，收支挂钩”财政体制的通知》。“增收分成，收支挂钩”的实行，意味着我国各级政府间财政关系及预算决算制度的又一次调整。同年12月18日至22日，党的十一届三中全会召开。全会重新确立马克思主义思想路线、政治路线和组织路线，做出了把全党工作的重点转移到社会主义现代化建设上来的战略决策。