20世纪80年代至90年代初，内部控制发展进入结构阶段，明确了内部控制由控制环境、会计系统、控制程序三要素组成，因此这一阶段也称内部控制三要素阶段。

受1973—1976年“水门事件”调查的影响，美国政府、立法机构和规章制定部门开始密切关注内部控制问题。美国证券交易委员会在独立调查“水门事件”中发现不少著名公司为取得供货订单，对国外政府官员进行非法的政治援助、可疑或非法的支付，包括贿赂。调查发现许多不道德的交易被美国公司高层所隐瞒，记录被篡改，这些都反映了公司的内部控制缺陷。美国国会举行了听证会，听取大众关于美国公司对国外政府官员的不适当支付的意见，并最终颁布了1977年的《反国外贿赂法》，该法案要求公司对外报告的披露者设计一个内部会计控制系统，并维持其有效性，属于会计和内部控制的条款。公司管理层对内部控制的健全性负有特殊责任，要设置账簿记录和账户，以正确、适当地反映资产的交易和处置，保证内部会计控制系统的充分性，达到相关目的。

“水门事件”影响深远，不仅在政治上强化了对政府权利监督、对总统行政权力制约的需求，同时强调了程序公正的重大意义，而这一影响也随后扩展到了企业内部控制的领域。

进入20世纪80年代，资本主义发展的黄金阶段以及随后到来的“滞涨”促使西方国家对内部控制的研究进一步深化，人们对企业内部控制的研究重点逐步从一般含义向具体内容深化。在实践中，注册会计师发现很难确切区分内部会计控制和内部管理控制，而且后者对前者其实有很大影响，无法在审计时完全忽略。于是，1988年AICPA发布《审计准则公告第55号》（SAS55），并规定从1990年1月起取代1972年发布的《审计准则公告第1号》。这个公告首次以“内部控制结构”的概念代替“内部控制系统”，明确“企业内部控制结构包括为提供取得企业特定目标的合理保证而建立的各种政策和程序”。该公告认为，企业内部控制结构由三个要素组成。

（一）控制环境

控制环境是指对建立、加强或削弱特定政策与程序的效率有重大影响的各种因素，包括以下方面：管理层的理念和经营风格；组织结构；董事会及其所属委员会，特别是审计委员会发挥的职能；职权和责任的分配；管理层监控和检查工作时所使用的控制方法，包括经营计划、预算、预测、利润计划、责任会计和内部审计；人力资源政策与实务等。

（二）会计系统

会计系统是指为确认、归类、分析、登记和编报企业各项经济业务，明确资产与负债的经营责任而规定的各种方法，包括以下方面：鉴定和登记一切合法的经济业务；对各项经济业务及时和适当地分类，作为编制财务报表的依据；将各项经济业务按照适当的货币价值计价，以便列入财务报表；确定经济业务发生的日期，以便按照会计期间进行记录；在财务报表中恰当地表述经济业务及对有关的内容进行揭示。

（三）控制程序

控制程序是指企业为保证目标的实现而建立的政策和程序，通过严密的程序来保证对相关业务的有效控制，如经济业务和事项的适当授权；明确人员的职责分工，如指派不同的人员分别承担业务批准、业务记录和财产保管的职责，以防止有关人员利用正常经济业务图谋不轨和隐匿各种错弊；账簿和凭证的设置、记录与使用，以保证经济业务活动得到正确的记载，如出库凭证应事先编号，以便控制发货业务；资产及记录的限制接触，如接触电脑程序和档案资料要经过批准；已经登记的业务及其记录与复核，如常规的账面复核，存款、借款调节表的编制，账面的核对等。

内部控制结构阶段对于企业内部控制发展的贡献主要体现在两个方面：其一，首次将控制环境纳入内部控制的范畴。因为人们在管理实践中逐渐认识到控制环境不应该是企业内部控制的外部因素，而应该作为企业内部控制的一个组成部分来考虑，尤其是董事会、管理层及其他员工对内部控制的态度和行为，是充分有效的内部控制体系得以建立和运行的基础和有力保障。其二，不再区分会计控制和管理控制，而统一以要素来表述。因为人们发现内部会计控制和管理控制在实践中其实是相互联系、难以分割的。

可见，这一阶段的企业内部控制融会计控制和管理控制于一体，从“系统二分法”阶段步入了“结构三要素”阶段。这是内部控制发展史上的一次重要改变。