政府在经济运行中能够发挥上述重要作用，弥补市场机制所存在的缺陷，使人们有理由对政府扮演的角色给予足够的重视。但是，我们必须注意到，政府的作用不能随意夸大，因为政府机制也存在失灵的问题。

导致政府失灵的原因有很多，主要有以下几个方面。

（一）内部性

这是指在政府内部存在着利益不同的职能部门，各部门往往更多地从自身利益的最大化出发，要求得到更大的支配资源的权力，而不顾及其行为引起的社会成本和收益。这就如同企业经济行为会产生外部效应一样，发生负的外部效应时，实际上是以他人的损失获取自己不正当的利益，并最终降低资源配置的效率。

（二）垄断性

由于政府的特殊地位，决定了政府在提供公共产品过程中，不存在任何竞争对手，斯蒂格里茨称之为真正的自然垄断。私人的垄断可以由政府通过一定的行政、法律和经济手段予以干预，从而对其影响资源配置的不利影响进行控制。但政府的垄断却缺乏这样的外部干预，只能在政府内部通过制度加以规范和约束。显然，这种内部制度的控制效果很难尽如人意。

（三）政治性

政府的运行总是建立在政治权力的基础上，这有可能导致以下后果：一是由于政治权力的滥用，政府机制非但没有弥补市场机制的缺陷，反而会加剧市场秩序的混乱，使政治权力成为经济发展的阻力；二是政府活动和行为缺乏激励机制，对权力的扩张和资源控制的欲望强烈；三是政府的决策失误，容易造成大的经济损失。

综上所述，在现代经济发展过程中，既不能因为市场的缺陷单纯强调政府的功能，也不能因为政府的缺陷单纯强调市场的功能。只有建立一个搭配协调、功能互补的市场与政府并存的运行机制，才符合经济发展的客观要求。